【生信大框架】服务器配置系列（一）

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【生信大框架】服务器配置系列（一）

2023-05-26 01:08| 来源: 网络整理| 查看: 265

本系列将保持“言简意赅、逻辑清晰”。

编者从事科研数据分析工作，在此分享一些经验，欢迎留言或私信参与讨论。

为什么学？常规生信下游分析普通笔记本即可胜任，但做上游分析则性能不足。自己课题组或科室有服务器，但不熟悉Linux操作，不知如何配置最佳。常见的计算型服务器类型：云服务器（共享服务器）本地服务器云服务器

从生物公司购买“生信云服务器”使用权，登录后即可直接使用。

优势：无需配置系统环境，只需安装需要用的R包或linux软件远程访问方便，网速有保障价格较本地服务器低很多，适合入门选择劣势：运行内存共享，任务可能被挤掉数据传输有时间成本，受网速影响数据不在本地，有安全隐患本地服务器

课题组或科室有相关设备，但需要自行配置使用

优势：数据本地存储，数据存取、查看都很方便同一局域网下，访问和传输速度极快可视化操作便捷，对初学者非常友好，也便于故障排除劣势：远程访问需要配置网络所有运行环境都需要自行配置，需要耐心与时间要留意停电通知，及时关机 1. 装什么系统：

使用Linux系统毋庸置疑，具体有三种方案：

方案一：Ubuntu （Ubuntu-22.04.2-desktop）整机装成一个Linux系统不折腾，适合长期稳定运行的场景方案二：Win+Ubuntu 装双系统，开机引导进入哪个系统需要重启切换系统，适合多场景使用的个人高性能主机方案三：Win+WSL2 在Win系统下安装Linux子系统，即WSL2 （不推荐）WSL2目前还不稳定，稍有闪失Linux系统的文件就会丢失，适合有经验的开发者，知道自己在做什么。优先推荐方案一，对于方案二，建议先装Win再装Ubuntu。以下围绕方案一展开 2. 如何装系统：

核心问题是把分区做好，其他步骤请参考以下文章，操作完成即可。

编者的分区方案：（欢迎在评论区分享自己方案，帮助更多的人）主机配置：32G运行内存+256G固态硬盘+8T机械硬盘

分区类型挂载点大小 efi 500M swap 48000M ext4 /boot 2000M ext4 /tmp 10000M ext4 /var 50000M ext4 /usr 50000M ext4 /opt 50000M ext4 / 35560M（剩余空间）

请参考：如何安装 Ubuntu 22.04 LTS 桌面版 (图文教程) ?

2. 更换软件源

目的：后续更新系统，软件包下载速度会更快

登录进入桌面后，左下角打开软件菜单，找到终端，右击收藏，会经常用到。

重命名源文件 sudo mv /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bk 创建新的源文件 nano /etc/apt/sources.list 将以下内容粘贴进去，这几行就够了。之后按Ctrl+O写入，按Ctrl+X退出。 deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy main restricted universe multiverse deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-updates main restricted universe multiverse deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-backports main restricted universe multiverse deb http://security.ubuntu.com/ubuntu/ jammy-security main restricted universe multiverse 3. 安装apt-faster

目的：多线程，安装软件速度更快

以下命令依次执行 sudo apt-get install axel sudo add-apt-repository ppa:apt-fast/stable sudo apt-get update sudo apt-get -y install apt-fast 选择apt 设置最大连接数6 与apt-get功能相似，我们可以使用： sudo apt-fast install package sudo apt-fast remove package 更新软件包 # 检测软件包是否有更新 sudo apt-fast update # 执行更新 sudo apt-fast upgrade # 显示哪些软件包需要更新 sudo apt-fast dist-upgrade 4. 开启root登录

目的：特殊情况下安装软件包或修改配置系统

请参考： ubuntu 开启root用户登录系统

5. 配置.bashrc

目的：配置常用命令的缩写以提高效率；在命令行界面显示一些系统信息

打开文件 nano ~/.bashrc 配置命令行显示外观 # 添加 export PS1='\[\e[1;36m\][\A-\#] \[\e[1;32m\]LUNA:\[\e[0;32m\]\u\[\e[1;33m\] → \[\e[1;33m\]$PWD \[\e[0m\] \n\[\e[0m\]' 配置常用命令的缩写 # 添加 alias grep='grep --color=auto' alias ll='ls -alFh' alias la='ls -A' alias l='ls -CF' alias h='history' alias b='cd ..' alias bb='cd ../..' alias bbb='cd ../../..' alias le="less -S -N" alias rm='rm -rf' alias cp='cp -i' alias mv='mv -i' alias cls='clear' alias rst='source ~/.bashrc' 使配置生效 source ~/.bashrc

至此，Linux系统的基本配置已完成，欢迎在留言区或私信与我们分享你的实践与思考。

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